據《台灣府志》十九卷寺廟篇記載,當時笨港溪經常氾濫成災,居民飽受水災之苦,為護佑眾生免於水患之苦,清乾隆4年(西元1739年)笨港郊商、船戶捐資共同合建水仙宮,供奉水仙尊王(大禹),為笨港街建立的第二間廟宇。
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